清军入关以后，与金、元一样对汉人实行压抑政策，禁止汉人习武。收到当时战乱影响，此时的少林寺人数锐减，又因为少林寺与明王朝密切的关系以及少林寺在全国武术界的崇高地位，少林寺很快就处于清廷严密监视之下。

雍正十三年（1735），世宗直接批示整顿少林寺宗法门头，重新规划少林寺建筑格局。尽管如此，少林寺僧人白天照常经课坐禅，但夜间坚持在少林寺最隐蔽的后殿——千佛殿，习武不辍，以至大殿地面因长期练功发力形成陷坑，至今遗迹仍存。

从清朝白衣殿壁画和文献记载，少林功夫在清朝以来，仍维持着很高的水平。而在民间，少林功夫渐渐被神化，甚至发展为民间教派（会）意识形态和精神支柱的重要组成部分。如山东“在理教”、北方“少林会”、四川“少林青主教”和闽台“天地会”等等。

流传在少林寺外的少林功夫，由于离开了 佛教环境，缺乏长期稳定的组织制度保障，修习少林功夫的目的和少林功夫的文化功能不可避免地发生了变异。而只有在少林功夫根植和发展的文化空间——少林寺，它才得以相对完整地传承。